課程大綱： GROMACS分子動力學仿真培訓
GROMACS基礎(chǔ)
1. 1 分子模擬入門理論——對分子動力學模擬原理游刃有余
2. 1.1 基本假設(shè)
3. 1.2 主要算法介紹：速下降法、共軛梯度法
4. 1.3 積分步長的選取
5. 1.4 溫度和壓力控制
6. 1.5 周期性邊界條件
7. 1.6 分子動力學模擬流程
GROMACS入門操作
1. 2 GROMACS入門操作基礎(chǔ)
2. 2.1 Linux命令入門基礎(chǔ)——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令
3. 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學會編譯方法，針對自己體系編譯軟件
4. 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數(shù)介紹
5. 2.4 GROMACS力場介紹——深度探究力場具體形式，為以后創(chuàng)建自己體系做準備OPLS為例，力場的各種參數(shù)說明
6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學員具有扎實的技術(shù)基礎(chǔ)
7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用
8. 3.2 建立各種體系模型:混合模型、界面模型、球體模型等
9. 3.3 小分子各種力場TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的結(jié)構(gòu)以及參數(shù)說明
10. 3.4 建立均相、多相體系
11. 3.5 如何修改力場參數(shù)
GROMACS建模計算
1. 4 GROMACS計算實例——熟練掌握GROMACS計算一整套流程
2. 4.1 純相、多相混合體系模擬計算冰、水、甲烷等、超臨界二氧化碳等乙醇等極性溶劑石油化工領(lǐng)域等、聚合物分子等
3. 4.2 界面模擬計算氣液界面、固液界面、油水界面表面活性劑的界面模擬
4. 4.3 物理場下的模擬計算靜電場、微波場、高斯脈沖場
5. 4.4 石墨烯、納米管的模擬
6. 5 使用AmberTools建立分子GAFF力場（力場的精確構(gòu)建方法）
GROMACS初級數(shù)據(jù)分析
1. 6 GROMACS數(shù)據(jù)分析
2. 6.1 GROMACS分析工具運用徑向分布函數(shù)（RDF）/ 離子配位數(shù) / 擴散系數(shù) / 介電常數(shù)
3. 6.2 各種能量性質(zhì)計算各個方向密度、壓力、表面張力、勢能
4. 6.3 氫鍵相關(guān)性質(zhì)計算平均氫鍵個數(shù) / 平均氫鍵壽命 / 氫鍵自相關(guān)函數(shù)
5. 6.4 結(jié)構(gòu)分布、四面體參數(shù)
6. 6.5 計算鍵角和二面角的分布用make_ndx建立索引
7. 6.6 計算二維的平面或軸徑向密度
8. 6.7 空間分布函數(shù)的繪制
復雜體系建模分析
1. 7 蛋白體系、生物大分子建模仿真
2. 8 復雜體系建模仿真：蛋白配體復合物
3. 9 傘形采樣——計算結(jié)合自由能
4. 10 使用g_MMPBSA計算結(jié)合自由能
5. 10.1 編譯安裝APBS、g_mmpbsa
6. 10.2 通過g_mmpbsa計算分子間結(jié)合自由能
7. 11 表面活性劑構(gòu)建和模擬
8. 12 生物膜構(gòu)建和模擬
9. 13 固/晶體建模仿真
數(shù)據(jù)分析
1. 14 GROMACS高級分析工具運用
2. RMSD分析 / 抽取性質(zhì)數(shù)據(jù) / 計算回轉(zhuǎn)半徑 / 計算平均結(jié)構(gòu)等軌跡的處理: trajconv、g_traj (重點，為以后寫代碼分析提供支持)
3. 15 分析軌跡代碼編寫
4. bash腳本/ python腳本
專題剖析講解
1. 專題一：非標準殘基力場構(gòu)建
2. rtp文件構(gòu)建方法掌握atp文件書寫方法非標準氨基酸t(yī)op文件構(gòu)建
3. 專題二：高分子聚合物的TOP文件構(gòu)建
4. 構(gòu)建高分子聚合物結(jié)構(gòu)高分子單元rtp文件構(gòu)建
5. 專題三：粗粒化模型建立
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